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　　雍正先将年羹尧的亲信甘肃巡抚胡期恒革职，使其不能任所作乱。雍正三年（公元1725年），又解除年羹尧川陕总督职，命他交出抚远大将军印，调任杭州将军。年羹尧却迟迟不肯动身，也不交出大将军印，离开杭州后，又在河南仪封逗留。这让雍正非常气愤。
　　
　　年羹尧调职后，内外官员更加看清形势，纷纷揭发其罪状。
　　
　　最后，雍正作出了裁决，念年羹尧曾有战功，令其“自裁”。他的儿子年富斩首，他的父亲、兄弟及族人全部被革职；全家15岁以上的男子都发配到西南边地充军。同时，收回所有的封赏，没收全部家产。
　　
　　从年羹尧一案，可以看出，雍正即位后，是以整顿吏治，打击贪污为基本国策。而年羹尧干预官员任免，贪污纳贿，与雍正制定的国策冲突，他的死也是雍正为了杀一儆百。雍正以“严、猛”的政治风格治国，主要是为了改变康熙晚年松弛、颓废的趋势。同时，为了实现“朝纲独揽”，雍正还设立了军机处。
　　
　　军机处，又叫“军机房”、“总理处”。最初在编制上只是一个临时机构，类似今天的某某领导小组、某某办公室，而非一个正式机构，其成员无品级，组成完全由皇帝任意安排。雍正七年（公元1729年），为了应付青海的战事，雍正在隆宗门内、乾清门外的平房处设立了军机房，雍正十年（公元1732年）改称军机处，任命怡亲王允祥、大学士张廷玉、蒋廷锡主持办理军政事务。而青海战事结束后，军机处并没有取消，反而扩大到管理整个国家政务，成为清朝一项重要政治制度。加强了皇权，提高了行政效率，保证了君主专制的高度运转。
　　
　　除了设立军机处以外，雍正还进行了“改土归流”。当时，在西南及其他一些少数民族聚居的地区，实行土司制度，其职务为世袭，仅名义上接受清朝的册封。这种制度妨碍了国家的统一和地区经济文化的发展。雍正即位后，废除了云南、贵州、广西、四川、湖南各地的许多土司，改成和全国一致的州县制度。“改土归流”是一场激烈的斗争，许多土司武装反抗，雍正坚决派兵平定。在平叛战争中虽然也累及无辜，给少数民族造成伤害，但从长远来说，“改土归流”是进步的措施，打击和限制了土司的割据和特权，对民族地区的经济文化发展有利。
　　
　　雍正在吏治、赋税、土地等各个方面进行大刀阔斧的改革，使国家边境安定，农业丰收，税收兴旺，储备丰实，为乾隆皇帝将大清盛世推向顶峰铺平了道路。