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　　废黜中书省后，朱元璋又改革了监察机构。元朝中央的机构叫御史台。公元1382年，朱元璋将其改为都察院，职能是纠察百官的错误。都察院下，设置了13道监察御史，以一个布政司为一道，负责监察和检举各级官吏的不法行为。虽然监察御史只是一个七品官，但权力却很大。朱元璋用这种以小制大，以内制外的方法来牵制官员。
　　
　　在历史剧中，我们常常听到“三司会审”这个词。所谓三司，就是三法司。朱元璋在中央设立了大理寺，这个机构负责对刑部、都察院、五军断事官审理的案件进行复审，大理寺、刑部、都察院合称三法司。遇到大案就需要三司会审。三司的权力一分为三，互相牵制，大权不会落于其中一司的手中。同时，朱元璋还罢黜了丞相这一职务。不设丞相，六部就只能把全国的政务提请皇帝来裁决。也就是说，皇帝兼相权。这样一来，皇帝要处理的政务非常繁多。朱元璋每天要看200多份奏章，处理400多件政事。皇权空前的高度集中，使朱元璋成为中国历史上最有权势的皇帝之一。即便如此，朱元璋仍对官员大臣不放心，于是他还设立了一个特务组织，叫做锦衣卫。
　　
　　锦衣卫是隶属于皇帝的亲军体系，长官为指挥使，下领官校。官为千户、百户，校为校尉力士，因为身穿橘红色服装，又骑马。所以又称“缇骑”。
　　
　　明朝初年的“缇骑”只有几百人，发展到明朝后期，已是十几万人。锦衣卫下设镇抚司，有监狱和法庭，直属于皇帝，权力很大。执掌侍卫、缉捕、刑狱等事务。这为明代后来的皇帝做了一个恶劣的开端，形成了历史上著名的明代特务统治。
　　
　　除此之外，朱元璋还特别重视军队的管理和建设，创设了卫所制度。明初时，全国的卫所、都指挥使司都由大都督府管。公元1380年，在废黜丞相制的同时，朱元璋也废黜了大都督府。改设中、左、前、右、后五军都督府，将兵权一分为五。但朱元璋仍然不放心，又规定五军都督只有统兵权，而没有调兵权。兵部有任免、训练权，但又没有统兵权。五军都督和兵部互相牵制。遇到战争决定权在皇帝手上。只有皇帝下令，兵部才能颁发调兵的命令，都督府的长官才能奉命作为将军率兵出征。这项制度，使军队始终掌握在皇帝手中，从军事上加强了皇权。
　　
　　后世对朱元璋这一系列的制度改革褒贬不一。但有一个事实是不容置疑的，行政、监察、军事这三方面的统治机构的相互独立，又互相牵制，使真正的大权独揽于皇帝一个人手中。朱元璋得天下不易，希望子孙世代固守。因此，他不允许任何人对其统治和权力构成威胁，甚至那些被他认为会对其子孙的统治构成威胁的人，朱元璋也绝不手软，因此，造成了后来屡兴大狱和滥杀功臣的悲剧。